A cidade insular, que deu origem ao nome do país, é um município da província de Nampula ligado ao continente por uma ponte com 3,80 km. Quando Vasco da Gama ali aportou, em 1498, a Ilha de Moçambique estava subordinada ao sultão de Zanzibar e era utilizada pelos árabes no comércio com o Mar Vermelho, Pérsia, Índia e ilhas do Índico. Graças à posição geográfica estratégica, tornou-se um lucrativo entreposto comercial e escala obrigatória nas viagens entre Lisboa e Goa.

A ilha divide-se em duas partes: ao norte a "Cidade de Pedra", uma mistura romântica de edifícios semi-arruinados ou semi-restaurados onde estão os principais monumentos, construídos em pedra e cal; ao sul, a "Cidade Macuti" (o material de construção tradicional: folhas de coqueiro), um aglomerado de casas de junco desordenadas que abrigam os locais. Esquecida pelo turismo internacional, a pequena ilha (500 metros de largura por 3 km de comprimento) continua sendo um tesouro esquecido.